Il complesso topografico della Basilica di San Nicola di Bari è composto dalla chiesa, dalla cripta e dalle due torri che racchiudono la facciata dell'edificio. La Basilica, costruita alla fine dell’XI secolo per ospitare le reliquie del santo trafugate a Myra, in Turchia, da un gruppo di 62 marinai baresi, rappresenta una pietra miliare nel panorama dell'architettura religiosa medievale pugliese: si tratta infatti del primo edificio monumentale con matronei apparso in Puglia, che per le soluzioni costruttive adottate e per la precoce decorazione plastica comparsa all'esterno, divenne immediatamente modello indiscusso di un certo tipo di romanico indicato proprio come "nicolaiano", ampiamente diffuso in Terra di Bari tra XII e XIII secolo. Ma la Basilica assume sin dalle sue origini un ruolo fondamentale anche sul piano politico e sociale: nasce sotto l'egida normanna, viene proclamata prima "nostra specialista cappella" da Federico II, poi dichiarata cappella palatina dagli Angioini.
Alle origini del sacro furto delle ossa del santo - avvenuto nel 1087 - sono certamente fattori storici e politici di rilievo nazionale e internazionale, tra i quali non di poco conto dovette essere la recente (1071) presa di Bari da parte dei Normanni, che strapparono così ai Bizantini l'ultimo importante territorio italiano rimasto tra i loro possedimenti occidentali. A causa della forte conflittualità tra le varie componenti sociali della città, le ossa del santo appena giunte in città furono prese in carico dal vigoroso monaco Elia, abate del monastero di San Benedetto, il quale ottenne in concessione dal duca Ruggero Borsa, figlio del Guiscardo, l’area occupata dal praetorium bizantino, per costruirvi il santuario, che si presentò sin dalle intenzioni progettuali come un santuario di pellegrinaggio. La Basilica infatti non ebbe mai funzione episcopale: la cattedrale sorgeva da secoli in un settore della città distinto da quello occupato dalla sede del potere civile.
L’edificio presenta impianto basilicale a tre navate, suddivise da due colonnati interrotti dalla presenza di pilastri, transetto libero, cripta a oratorio triabsidata e absidi incluse da un muro rettilineo, che ingloba anche le torri campanarie. Le fiancate esterne sono serrate da arcate sormontate da gallerie, che nascondono il leggero aggetto del transetto.
La costruzione si protrasse per più di un secolo, ma l’avvio dovette essere particolarmente celere, se già nel 1089 papa Urbano II poteva consacrarne la cripta e nel 1105, alla morte di Elia, il successore Eustasio poteva dedicarsi al decoro e all’arredo, come attestato dall’iscrizione sui gradini dell’altare maggiore. Il cantiere nicolaiano tuttavia interruppe la sua attività più volte. Non toccato dalla repressione di Guglielmo il Malo (1156), l’edificio subì nella seconda metà del XII secolo una serie di trasformazioni, per giungere solo nel 1197 alla solenne consacrazione, testimoniata da una lapide inserita attualmente tra le pietre della facciata.
Alla fine del XII secolo dunque l’edificio era completo ed era incluso in una cinta fortificata che ne cingeva i cortili ed i chiostri.
A partire dal XIII secolo furono create una serie di cappelle funerarie gentilizie, ottenute chiudendo le arcate delle fiancate laterali e aprendole verso l’interno della chiesa.
A seguito di un terremoto del 1456 tre grandi arconi trasversi di rinforzo furono eretti all’interno della basilica lungo la navata maggiore: per la realizzazione furono chiamate maestranze galatinesi, che vi lasciarono la loro firma, così come i committenti fecero realizzare i loro stemmi gentilizi (spiccano quelli dei principi di Taranto, Del Balzo Orsini, e di Ludovico il Moro).
Nel 1593 alla morte di Bona Sforza, regina di Polonia e duchessa di Bari, fu eretto un monumento funebre in suo onore inserito nella conca dell’abside maggiore, opera di maestri carraresi.
Alla fase pienamente barocca appartiene il monumentale soffitto in legno intagliato e dorato, decorato con grandi tele a olio raffiguranti Scene della vita e miracoli di San Nicola, realizzato dal pittore bitontino Carlo Rosa e dalla sua bottega.
L'aspetto attuale dell’edificio è il frutto di una serie di interventi di restauro realizzati tra il 1928 ed il 1956, improntati a restituire una ideale sobrietà medievale alla fabbrica giunta fino ad allora privata della maggior parte dei decori di età rinascimentale e barocca, ritenuti superfetazioni, che si sono accumulati nel corso dei secoli. In particolare furono smantellate e dispersi i relativi materiali delle varie cappelle gentilizie, scomparve il complesso decorativo costituito da affreschi e arredi lignei della zona del transetto e del presbiterio (resta traccia nei frammentari affreschi della Cappella di San Martino), così come l’altare e la tribuna argentea donata dallo czar serbo Uros II Milutin nel 1319 per abbellire la cripta e contenere le reliquie del santo.
All'interno della Basilica si conservano arredi e suppellettili liturgiche tra le più preziose e significative della produzione artistica del tempo. Spiccano tra tutti la cattedra di Elia, collocata ancora oggi in situ dietro l'altare nella chiesa superiore, e l'icona donata da Uros III Decanski, re di Serbia, ritenuta da tempo immemore "la vera effigie" del Santo e conservata nella cripta, dietro l'altare.
Alcuni pregiati pezzi del Tesoro di San Nicola, composti dai doni nel tempo giunti da parte di re, regine, illustri pellegrini e ricchi personaggio, un tempo custoditi in chiesa, sono oggi migrati nel vicino Museo Nicolaiano, che custodisce anche frammenti dell'arredo liturgico, carte e documenti relativi alla storia della Basilica.

Data ultimo aggiornamento: 20/02/2020